Die in Thüringen existierenden Kreisarchive gehen auf die Zentralisierung und die Verstaatlichung des Archivwesens in der DDR und die damit verbundene Gesetzgebung zurück. Die „Anordnung zur Errichtung von Stadt- und Kreisarchiven“ vom 26. Februar 1951 verpflichtete die Stadt- und Landkreise zur Errichtung von Archiven. Daraufhin wurde in den damals bestehenden Landkreisen des Landes Thüringen mit dem Aufbau von Kreisarchiven begonnen. Die Zuständigkeit der neuen Kreisarchive sollte sich auf das aus der eigenen Verwaltung erwachsene Archivgut und auf die Archivierung für Gemeinden ohne eigenes Archiv erstrecken. Weiterhin sollten die Kreisarchive Verwaltungsarchive (Zwischenarchive) aufbauen.

Zum damaligen Zeitpunkt bestanden im Land Thüringen 21 Landkreise. Bereits im Jahre 1952 fielen in der DDR die Länder und selbstverwalteten Landkreise der Zentralisierung zum Opfer. Anstelle der Länder wurden 14 Bezirke gebildet. Eine neue Kreisstruktur wurde in die Bezirksgrenzen eingepasst, wobei die Landesgrenzen teilweise unbeachtet blieben. In Thüringen entstanden so die Bezirke Erfurt, Gera, Suhl und 32 neue Landkreise. In jedem dieser Kreise wurde ein Kreisarchiv eingerichtet bzw. das seit 1951 bestehende weitergeführt. Die in der Anordnung von 1951 fixierten Aufgaben blieben bestehen und wurden von meist nur einer Personalstelle, dem Sachbearbeiter Archivwesen, in Angriff genommen. Der Aufbau und die Unterhaltung eines Verwaltungsarchivs kam später, mit dem Anwachsen der Registraturen, als Schwerpunktaufgabe hinzu. In den 1950er und 1960er Jahren wurden die Gemeindebestände bis zum Jahr 1945 flächendeckend in die Kreisarchive übernommen. Den meisten Kreisarchiven gelang es in späteren Übernahmeaktionen die Bestände der Gemeinden über das Jahr 1945 hinaus zu ergänzen. Häufig waren die Aktivitäten der Mitarbeiter jedoch durch schlechte technische Ausstattung und Raummangel beeinflusst. Der Aufarbeitungsstand nach Eingliederung in die Kreisarchive stellte sich sehr unterschiedlich dar. Zum großen Teil wurden die Gemeindearchive einfach auf Karteikarte verzeichnet. Viele Bestände blieben aber auch unbearbeitet. Bestandsübersichten wurden nicht erstellt. Eine Ausnahme bildete das Kreisarchiv Meiningen, welches 1971 eine gedruckte Bestandsübersicht herausgab.

Im Jahre 1965 wurden die Zuständigkeiten der Archive in der DDR neu geregelt. Danach waren die Kreisarchive für die Überlieferung der Räte der Kreise ab 1952 und der ihnen unterstellten Betriebe und Einrichtungen sowie für die Gemeindearchive zuständig. Die Überlieferung der Landkreise vor 1952 ging an die Staatsarchive. Dadurch befinden sich die Bestände der vor 1945 in Thüringen existierenden Landkreise heute ebenso in den regional zuständigen Staatsarchiven wie die Bestände der Landkreise von 1945-1952 (Kreisräte der Landkreise). 1976 erweiterte sich die Zuständigkeit der Kreisarchive auf das Archivgut von Genossenschaften sowie auf die kreisangehörigen Städte ohne bestätigtes Endarchiv.

Nach 1990 konstituierten sich die Landkreise auf der Grundlage der Kommunalgesetzgebung neu. Zunächst bestand große rechtliche Unsicherheit zur Frage der Fortexistenz der Kreisarchive und zur weiteren Aufbewahrung der Gemeindearchive. Diese konnte erst durch das Thüringer Archivgesetz vom 23. April 1992 beseitigt werden. Darin wurde in § 4 bestimmt, dass Kommunen ihr Archivgut in eigener Verantwortung archivieren. Viele kleinere Städte und Gemeinden archivieren seitdem eigenverantwortlich. Der Großteil beließ seine Archivbestände jedoch in den Kreisarchiven und traf entsprechende vertragliche Regelungen mit den Landkreisen. Vielfältige neue Aufgaben kamen jetzt auf die Kreisarchive zu. Die Unterlagen von Rechts- und Funktionsvorgängern waren zu übernehmen, Verwaltungsarchive aufzulösen, Bestände neu zu bilden, neue Rechtsvorschriften zu erarbeiten und nicht zuletzt technische Modernisierungen vorzunehmen und Erweiterungsbauten zu planen. Eine weitere Herausforderung brachte die Gebietsreform von 1994 mit sich. In deren Folge wurde die Anzahl der Landkreise von 35 auf 17 reduziert. Heute gibt es in allen 17 Landkreisen Kreisarchive, teilweise mit Außenstellen in den alten Kreisstädten.