Die Archive zeitgeschichtlicher Vereinigungen und Spezialarchive im Freistaat befinden sich sowohl in der Verwaltung des Bundes als auch in der Trägerschaft von Stiftungen und eingeschriebenen Vereinen. Zu diesen Archiven gehören die Außenstellen Erfurt, Gera und Suhl des Bundesbeauftragten für die Unterlagen des Staatssicherheitsdienstes der ehemaligen DDR. Das Archiv der Stiftung Gedenkstätte Buchenwald erfasst und bewahrt Unterlagen, die sowohl die Geschichte der Gedenkstätte als auch die Geschichte des Konzentrationslagers Buchenwald mit seinen Außenstellen sowie die Geschichte des Speziallagers, das hier nach 1945 existierte, dokumentieren. Eine wichtige Quelle für die historische Forschung bilden die Nachlässe ehemaliger Häftlinge, die durch das Archiv erworben und bewahrt werden. Mit der Aufarbeitung der Geschichte von Opposition und Widerstand in der ehemaligen DDR sowie der Geschichte der deutsch-deutschen Grenze befassen sich zahlreiche Vereine, die teilweise auch Museen unterhalten und in ihren Archiven Sammlungen von Privatpersonen oder Körperschaften sowie Fotos, Videodokumentationen und Spezialsammlungen zusammentragen und diese der öffentlichen Benutzung zugänglich machen.